Stefan Keller wurde 1974 in Zürich geboren und studierte unter anderem Oboe an der dortigen Musikhochschule sowie Komposition, Musiktheorie und elektroakustische Musik an der HfM Hanns Eisler in Berlin. 2019 erfolgte eine Promotion in Vergleichender Musikwissenschaft an der FU Berlin. Seit 2006 unterrichtet Stefan Keller an der HfM Hanns Eisler. 2008/2009 besuchte er den Cursus 1 am Ircam in Paris und hielt er sich im Rahmen eines Stipendiums des Berliner Senats an der Cité des Arts auf, 2012/2013 folgte ein Jahresstipendium des DAAD für einen Aufenthalt im Mumbai. 2019/2020 war er Stipendiat der Villa Massimo in Rom.